########################################################################################### ./beast_tg ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! URL=http://localhost:7070/cipresrest/v1 ADMIN_USERNAME=guidemo_admin APPID=pycipres-5A656A9748E24A2880489BD4DA2F43F5 adminUsername=cipresadmin PASSWORD=test UMBRELLA_APPNAME=guidemo UMBRELLA_APPID=guidemo-CEF8403A682C44CF9435631CA01B9DD7 VERBOSE=True TESTPASS=test PYCIPRES_APP=pycipres GUIDEMO_ADMIN=guidemo_admin Submission validated. Commandline is: 'beastwrapper -threads 8 -beagle_SSE -beagle_instances 8 -beagle_scaling dynamic infile.xml' ########################################################################################### ./clearcut ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'clearcut --expdist --alignment --expblen --DNA --in=infile --ntrees=1 -o outtree.tre' ########################################################################################### ./clustalw ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'ln -sf infile.phylip intree; consense < params && indenttree -o outtree.indent outtree' ########################################################################################### ./garli2_tgb ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'mafft68 --thread 8 --inputorder --ep 0.0 --auto input.fasta > output.mafft' ########################################################################################### ./mrbayes_321restartbeta ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'muscle -in infile.fasta -seqtype auto -maxiters 16 -maxmb 30000000 -log logfile.txt -weight1 clustalw -cluster1 upgmb -sueff 0.1 -root1 pseudo -maxtrees 1 -weight2 clustalw -cluster2 upgmb -sueff 0.1 -root2 pseudo -objscore sp -noanchors -out output.fasta' ########################################################################################### ./nclconverter ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'PBMultiRun.bash -N 2 --CHECKINTERVAL 1800 --BURNIN 500 --ACCEPTDIFF 0.1 --ACCEPTSIZE 50 --GIVEUP 10000 -- -d infile.phy -dc -x 1 -1 -S -cat -poisson ' ########################################################################################### ./phylobayes_xsede_restart ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'probalign infile.fasta -score_matrix nuc_simple -go 4.0 -ge 0.25 -T 1.0 > outfile.fasta' ########################################################################################### ./probcons ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'raxmlHPC-HYBRID -n result -s infile.txt -x 12345 -N 100 -c 25 -p 12345 -f a -m GTRCAT ' ########################################################################################### ./raxmlhpc2bb ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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Commandline is: 'raxmlHPC-HYBRID -s infile -N autoMRE -n result -f a -p 12345 -x 12345 -m GTRCAT' ########################################################################################### ./readseq ############################################################################################ -- listing properties -- GUIDEMO2_APP=guidemo2 registrationAppUrl=http://localhost:7070/restusers PYCIPRES_EU2=pycipres_eu2 GUIDEMO2_ADMIN=guidemo2_admin ADMIN_PASSWORD=test GUIDEMO_APP=guidemo PYCIPRES2_APP=pycipres2 APPNAME=pycipres PYCIPRES_EU=pycipres_eu PYCIPRES_ADMIN=pycipres_admin TESTDATA=/Users/terri/common_data/sdk_versions/testdata USERNAME=pycipres_eu adminPassword=cack800! 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